Arrêt de travail des indépendants et dirigeants : ce que verse la Sécu en 2026

Ce qui a changé à la rentrée 2026

Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, pris pour appliquer l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, plafonne la durée des arrêts de travail prescrits depuis le 1er septembre 2026 : 31 jours au plus pour une première prescription, 62 jours au plus pour chaque prolongation. Le nombre de prolongations, lui, n’est pas limité. Selon Service-Public et l’Assurance Maladie, le médecin, la sage-femme ou le chirurgien-dentiste peut dépasser ces durées si l’état du patient le justifie, au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé. Le motif médical de l’arrêt doit désormais être systématiquement indiqué (Assurance Maladie, actualité du 3 septembre 2026).

Service-Public présente la mesure du point de vue des salariés. Le décret vise toutefois les prescriptions elles-mêmes, et les pages ameli consacrées aux artisans-commerçants et aux professionnels libéraux, mises à jour le 1er septembre 2026, reprennent les mêmes plafonds. Concrètement, un arrêt long se découpe désormais en plusieurs prescriptions successives, ce qui multiplie les rendez-vous médicaux et les transmissions à la caisse.

Côté montants, rien de spectaculaire : les plafonds des indépendants sont fixés depuis le 1er janvier 2026 sur la base du plafond annuel de la Sécurité sociale (Pass), soit 48 060 €. Celui des assimilés salariés a légèrement augmenté en juillet, dans le sillage du Smic, porté à 12,31 € bruts de l’heure au 1er juin 2026. À la date du 22 septembre 2026, nous n’avons pas trouvé de texte officiel du projet de loi de financement pour 2027 qui modifierait ces règles : le point est à surveiller cet automne.

Artisans, commerçants, micro-entrepreneurs : 65,84 € par jour au maximum

L’indemnité journalière est égale à 1/730e du revenu d’activité annuel moyen (Raam) des trois années civiles précédant l’arrêt. Ce revenu est retenu dans la limite d’un Pass, soit 48 060 € en 2026, ce qui porte l’indemnité maximale à 65,84 € bruts par jour. Pour un micro-entrepreneur, le revenu retenu est le chiffre d’affaires diminué de l’abattement forfaitaire de son activité (71 % en vente, 50 % en prestations BIC, 34 % en BNC).

Plusieurs conditions encadrent ce versement, d’après l’Assurance Maladie et Service-Public Entreprendre :

• au moins 12 mois d’affiliation continue au régime ;
• un revenu moyen d’au moins 4 582 € : en dessous, l’indemnité est nulle ;
• un délai de carence de 3 jours, soit un versement à partir du 4e jour de chaque arrêt (en affection de longue durée, la carence ne s’applique qu’au premier arrêt sur une période de 3 ans) ;
• 360 indemnités journalières au plus sur 3 ans, pour un ou plusieurs arrêts.

Professions libérales : un plafond plus haut, mais 90 jours seulement

Depuis le 1er juillet 2021, les professionnels libéraux, à l’exception des avocats, relèvent d’un dispositif commun d’indemnités journalières géré par l’Assurance Maladie. Le calcul reprend le principe du 1/730e du revenu moyen des trois dernières années, mais le revenu est retenu jusqu’à trois Pass, soit 144 180 € en 2026. L’indemnité maximale atteint ainsi 197,51 € bruts par jour.

Le point faible se trouve dans la durée. La page ameli dédiée l’écrit sans détour : « La durée totale de l’arrêt ne peut pas dépasser 90 jours. » Compte tenu des 3 jours de carence, cela représente au plus 87 jours indemnisés par ce dispositif. Au-delà, la page ameli ne prévoit aucun relais : ce qui suit dépend des régimes de la caisse de retraite et de prévoyance de chaque profession, qui ne sont pas harmonisés. Pour un kiné ou un architecte, les garanties à partir du 91e jour sont donc à vérifier caisse par caisse. Le rattachement lui-même peut varier pour certaines professions libérales non réglementées : vérifiez auprès de votre caisse quel dispositif vous concerne.

Présidents de SAS et dirigeants assimilés salariés : pas de salaire, pas d’indemnités

Le président de SAS ou de SASU, comme le gérant minoritaire ou égalitaire de SARL, relève du régime général. S’il est rémunéré, il est indemnisé comme un salarié : 50 % du salaire journalier de base (calculé sur les trois derniers mois), dans la limite de 1,4 Smic. Ce plafond s’applique aux arrêts débutant depuis le 1er avril 2025, il était de 1,8 Smic auparavant. D’après ameli, l’indemnité ne peut pas dépasser 42,97 € bruts par jour pour les arrêts prescrits à compter de juillet 2026, contre 41,95 € pour ceux prescrits en juin.

Il faut aussi remplir les conditions d’ouverture de droits : pour un arrêt de moins de six mois, au moins 150 heures travaillées sur les trois mois précédents, ou des cotisations sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le Smic horaire sur les six mois précédents. Le dirigeant qui se rémunère surtout en dividendes n’entre pas dans ces critères : les dividendes ne supportent pas de cotisations sociales, rappelle Bpifrance Création, et n’ouvrent donc pas de droits. Un président non rémunéré n’a donc, en principe, droit à aucune indemnité journalière. Et sauf contrat de travail distinct, aucun employeur n’est là pour compléter ces indemnités.

Les trous de couverture, chiffres à l’appui

Le mécanisme est simple : le régime de base remplace un revenu plafonné, et non le train de vie ni les charges de l’activité. Trois cas calculés par nos soins sur les règles en vigueur au 22 septembre 2026, pour 30 jours indemnisés, en montant brut avant prélèvements :

• un artisan dont le revenu moyen est de 60 000 € par an perçoit au plus 65,84 € par jour, soit environ 1 975 € pour 30 jours, face à un revenu mensuel moyen d’environ 5 000 € ;
• un libéral à 150 000 € de revenu moyen perçoit au plus 197,51 € par jour, soit environ 5 925 € pour 30 jours face à 12 500 € de revenu mensuel moyen, et cela pendant 87 jours au maximum ;
• un président de SAS rémunéré au-delà de 1,4 Smic perçoit au plus 42,97 € par jour, soit environ 1 290 € pour 30 jours, et rien du tout s’il ne se verse pas de salaire.

Le rôle d’une prévoyance complémentaire

Une prévoyance complémentaire individuelle peut combler tout ou partie de ces écarts. Les contrats du marché combinent en général plusieurs blocs : une indemnité journalière complémentaire qui démarre après une franchise choisie à la souscription, une garantie frais généraux qui prend en charge les charges fixes pendant l’arrêt, une rente d’invalidité, et un capital ou une rente en cas de décès pour les proches. Pour un libéral, la question du relais après le 90e jour occupe une place centrale. Pour un dirigeant assimilé salarié, c’est souvent l’absence totale de socle qui domine.

Au moment de comparer des contrats, plusieurs points pèsent plus lourd que le tarif : le mode d’indemnisation (forfaitaire, ou indemnitaire, c’est-à-dire sur justificatifs de perte de revenus), la définition de l’invalidité retenue (professionnelle ou fonctionnelle), les exclusions et les conditions propres aux affections du dos et aux troubles psychiques, les délais d’attente, ainsi que le questionnaire médical à la souscription.

Côté fiscalité, un travailleur non salarié imposé selon un régime réel peut déduire de son bénéfice imposable les cotisations d’un contrat d’assurance de groupe de prévoyance complémentaire dit « Madelin » (article 154 bis du CGI). Selon la doctrine fiscale (BOFiP), la limite est égale à 3,75 % du bénéfice imposable augmentés de 7 % du Pass, sans pouvoir excéder 3 % de huit Pass. Les micro-entrepreneurs, dont le bénéfice est déterminé par abattement forfaitaire, n’y ont pas accès. Le niveau de couverture approprié dépend de chaque situation : revenus réels, charges fixes, statut, régime de la caisse professionnelle, épargne de précaution. Il s’évalue au cas par cas, dans le cadre d’une analyse de besoins.